Während der Reformation nimmt etwa die Hälfte des Bistums das protestantische Bekenntnis an – die Diözese wird zum Diaspora-Bistum.
1586 wird das Bamberger Priesterseminar gegründet, das ein Gymnasium zur Allgemeinbildung und eine Oberstufe zur theologischen Ausbildung der Seminaristen umfasst.
Bischof Johann Gottfried von Aschhausen holt die Jesuiten nach Bamberg, wo sie seit 1611/13 das Gymnasium und Priesterseminar führen.