Philipp Graf von Henneberg wurde am 10. Februar 1475 gewählt, am 12. April 1475 von Papst Sixtus IV. bestätigt und bestieg am 10. August 1475 den Stuhl des heiligen Otto.

Bischof Philipp von Henneberg musste sich mit seinem Domkapitel um das Mitbestimmungsrecht bei der Herrschaft sowie mit Markgraf Albrecht Achilles von Ansbach-Bayreuth um Fragen des Gehorsams von Geistlichen gegenüber dem Bischof bzw. dem Landesherren auseinandersetzen. 1482 erreichte er einen Kompromiss mit dem Domkapitel. War der Bischof in seiner Regierung durch das Domkapitel zuvor sehr eingeschränkt, wurden ihm nun mehr Kompetenzen bei der Führung seines Hochstifts zurückgegeben.

Albrecht Achilles verbat den Geistlichen seines Gebietes die „Türkensteuer“ an den Bischof abzugeben und führte stattdessen die „Pfaffensteuer“ ein. Außerdem durfte kein Priester eine Pfründe erhalten, ohne nicht vorher einen „markgräflichen Eid“ abgelegt zu haben. Die Bischöfe von Würzburg und Bamberg belegten ihn mit dem Kirchebann und sprachen das Interdikt über ihn aus, Albrecht antwortete mit der Ausweisung von Geistlichen und Pfändungen.

Philipp von Henneberg errichtete während seiner Amtszeit u.a. die Pfarreien Neuhaus an der Pegnitz, Windheim und Geisfeld. Darüber hinaus versuchte Philipp die wirtschaftliche Lage des Hochstifts zu verbessern.

Bischof Philipp Graf von Henneberg starb am 26. Januar 1487.