Bischof Johann Gottfried von Aschhausen verschaffte der kath. Reform in Bamberg endgültig den Durchbruch. Er förderte besonders das Priesterseminar und damit die Heranbildung gut ausgebildeter Kleriker. Er selbst genoss eine breite juristische und theologische Ausbildung. Priesterseminar und auch Gymnasium wurden sehr bald den Jesuiten unterstellt, die als bedeutende Träger der katholischen Reform gerade im Bildungswesen in vielen anderen Bistümern schon erstaunliche Erfolge gefeiert hatten.

Viele der bisher einflussreichen Geistlichen im Bistum wurden ihrer Ämter enthoben, etwa Weihbischof Schoner. Durch die Vergabe von Stipendien an begabte Jugendliche ermöglichte Aschhausen diesen ein Studium an einer deutschen Hochschule und schuf sich ein ihm wohlgesonnenes Klientel.

Der Bistumssprengel wurde durch die Einrichtung von vier den Dekanaten oder Landkapiteln Kronach, Hollfeld, Eggolsheim, Scheßlitz neu strukturiert. Nachdem sich vor dem 30-jährigen Krieg die katholische Liga gebildet hatte, trat das Bistum Bamberg 1610 der Liga bei. Als der Würzburger Bischof Julius Echter gestorben war, wurde Johann Gottfried von Aschhausen auch zum neuen Würzburger Bischof gewählt. Dadurch waren zum ersten Mal seit ihrem Bestehen die beiden fränkischen Bistümer in der Hand eines Mannes vereinigt.

Bischof Johann Gottfried von Aschhausen starb am 29. Dezember 1622 auf dem Reichstag in Regensburg.