Eberhard war seit 1127 Mitglied des Bamberger Domkapitels. Seine Ernennung fällt auf den 29. Mai 1146; seine Weihe wahrscheinlich auf den 25. Dezember 1146.

Als Bischof betätigte sich Eberhard auch politisch. Unter König Konrad III. bereitete er 1147 einen Kreuzzug vor. Maßgeblich beteiligt war Eberhard auch an der Wahl und der Krönung Friedrichs I. in Aachen. Zum Dank erhielt er die Reichsabtei Niederaltaich geschenkt. 1154 nahm der Bamberger Bischof am ersten Romzug des Königs teil und blieb dauernd in seinem Gefolge. 1158 und 1161 schloss sich Eberhard dem Zug in die Lombardei an, nahm an der Belagerung Mailands teil und gehörte zu den Vermittlern des Friedensvertrages.

Auf dem Konzil von Pavia 1160, das über das entstandene Schisma – also eine Glaubensspaltung – beriet, unterstützte Eberhard die kaiserliche Partei. Die Anerkennung des Gegenpapstes Viktor IV. (1159-1164) unterzeichnete er unter dem Vorbehalt, dass sich die ganze Kirche für diesen entscheide. Dasselbe tat er bei der Anerkennung des neuen Gegenpapstes Paschal III. (1164-1168).

Eberhard unterhielt enge Beziehungen zu Erzbischof Eberhard von Salzburg, den er von gemeinsamen Studienjahren kannte und der der Führer der päpstlichen Partei in Deutschland war. Diese Beziehung überdauerte auch den Bann Papst Alexanders III. (1159-1181) über den Kaiser und seine Anhänger. 1169 wurde Bischof Eberhard II. von Otelingen mit zwei Äbten in friedlicher Mission nach Italien entsandt, um mit Papst Alexander III. zu verhandeln. Doch die Gespräche scheiterten.

Mehr politischer Erfolg beschieden war dem Bamberger Oberhirten in Territorialangelegen-heiten. Er erwarb und baute Burgen zum Schutz des Bistums und führte damit die Erwerbspolitik seines Vorgängers Otto I. weiter. Kirchlich engagierte sich Eberhard für die Erhebung von Kaiser Heinrich zur Ehre der Altäre, von dem er Reliquien an Bischof Romanus von Gurk sandte. Außerdem reformierte er das Kloster Heidenheim in der Diözese Eichstätt und das Benediktinerkloster Admont und gründete das Zisterzienserinnenkloster St. Maria und Theodor in Bamberg.

Bischof Eberhard II. von Otelingen starb am 17. Juli 1170.